Isso mesmo, @conexao_cefet. Conforme comentado pelo Rubens, após o tempo de expiração sem o pagamento a cobrança Pix permanece com o status "ATIVO", pois lhe permite ainda aumentar o tempo de expiração.
Nesse cenário então, você pode fazer isso mesmo. Monitorar o tempo, se não receber o webhook com o pagamento, consulta a cobrança para confirmar o status, e depois usa o endpoint PATCH /v2/cob/:txid (https://dev.gerencianet.com.br/docs/api-pix-endpoints#revisar-cobran%C3%A7a) para alterar o status do Pix para "REMOVIDA_PELO_USUARIO_RECEBEDOR", que irá cancelar o Pix.