Sim, dá para continuar usando Cloudflare. Mas você vai ter que colocar na sua aplicação algo para reconhecer que seja o API Gateway da AWS te acessando.
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E DNS tem que ser o da Cloudflare também, não o Route 53 da AWS, a não ser que você use um outro domínio para o webhook. Eu aliás acho legal colocar o webhook em outro domínio, que inclusive pode não ser nada memorizável... tipo adfnsaksd213419.com.br . Mas dá para fazer com sub-domínio de um domínio que você já use para a parte pública.
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O Banco Central não especifica que autoridade certificadora assina o certificado, bastando ser uma autoridade reconhecida. Se a Efí usasse a CA da Cloudflare, funcionaria...
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