No da Gerencianet em Android tinha... no da Efí eu ainda não testei. O que eu costumo fazer é usa o app via site mesmo, e gravar a senha no cofre que já uso no browser.
Agora, do pagamento precisar colocar um outro fator de autenticação (neste caso a assinatura digital), é uma medida prudente, e bastante usual no setor financeiro como um todo.