Olá, @deson00. Bom dia! Tudo bem? O certificado não é necessário para a emissão de boletos, somente de cobrança Pix avulsa. Então se utilizam esta SDK mais antiga, provavelmente emitem somente boleto mesmo.
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Preciso tirar algumas duvidas sobre a sdk php mais antiga do gerencianet, os clientes que relata problemas são clientes de muitos anos que usa integração a muito tempo.