Ok Marcelo. Gerei um QRCode usando a API do Mercado Pago, e segue o código gerado:
00020126360014br.gov.bcb.pix0114+552299924834952040000530398654041.005802BR5916CALEBRANGELPORTO6014So Francisco d62240520mpqrinter927355027196304D954
Note que ao usar copiar o código o whatsapp não transforma em link. Como é um PSP de grande demanda também, acredito que seja viável para vocês considerar remover o link do código.
Reitero também que o problema não é só com o whatsapp, mas acontece em alguns apps de banco usando algumas versões do iOS e android. Me parece ser a api do SO que já faz a inclusão do prefixo https:// automaticamente.
Peço que passe adiante o meu questionamento, pois como disse anteriormente, o serviço da EFI nos atende bem, e gostaríamos de continuar a usar os serviços de vocês. Porém este problema no copia e cola está nos gerando um gargalo que está atrapalhando as vendas.
Sem mais delongas, peço desculpas pelo incômodo, e fico na espera de um posicionamento positivo da empresa na solução desta questão.