A gente consegue conciliar os pagamentos recebidos com os valores na conta usando o endpoint de extrato e o de saldo, e qualquer divergência já temos alerta no dia seguinte. É inclusive o que usamos para detectar que um MED (devolução do Pix, em parte comparável ao chargeback do cartão) não foi registrado como deveria (pois ele é sinalizado por e-mail e não pela API).
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