Detalhe que mesmo tendo webhook, ainda assim é bom ter um script recuperando eventuais notificações perdidas... o que muda é frequência, sem webhook você consulta mais frequentemente, com webhook você consulta menos e só do que não tiver tido notificação.
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Em node você utiliza o certificado gerado através do painel da Gerencianet no formato .p12 mesmo. No caso, esta falha ocorre quando não encontra o certificado. Tente informar o caminho absoluto do arquivo