Exatamente. A Gerencianet vai continuar a enviar o certificado na requisição, mas como mencionado, seu servidor irá ignorá-lo.
No entanto é aconselhável que você encontre uma forma de validar se é a Gerencianet quem está enviando a notificação, pois, sem o mTLS configurado não há o "hand-shake". Uma sugestão é verificar o IP de quem está notificando, pois a Gerencianet comunica os webhook através do IP 34.193.116.226