Na chave privada e no certificado (ambos do SSL do certbot) tenta inserir o caminho absoluto.
Exemplo:
/etc/letsencrypt/live/domain.com/fullchain.pem
/etc/letsencrypt/live/domain.com/privatekey.pem
Já na CA da Efí, tenta inserir dentro da pasta do projeto, mas utilizando o ____dirname__ para fazer referência ao diretório.
Exemplo:
____dirname__ + './chain-pix-prod.crt'