eu trabalho com isso, tenho bot em ~9 mil servidores
o rate de envio de mensagens é de 5 mensagens a cada 5 segundos, e se estourar ele não responde 429, as mensagens só vão pra uma fila pra serem enviadas no tempo correto (quem já usou rate limit do nginx deve imaginar como é)
no entanto, a resposta que o bot envia nesse caso é respondendo uma interação, esse tipo de resposta basicamente não tem rate-limit
o mais provável é que o bot esteja com uma conexão instável com o gateway ou faltando um defer (avisar pro discord que a resposta pode demorar mais do que o esperado)