No Efí, @EneasRocha, oferecemos serviços de banco e de meios de pagamento para empresas bem como também para empreendedores e microempreendedores que ainda não possuem CNPJ, que seria a modalidade de conta Pró. Nesse sentido, pensando em pequenos negócios é que existe a interface manual direta pela plataforma para que este público possa oferecer meios de pagamento dos seus serviços/produtos sem a necessidade de um sistema integrador.
No entanto, no que tange os boletos bancários, essas soluções não se comunicam entre si, integração é um ecossistema e o controle via conta digital é outro. Já para o PIX é possível configurar um webhook vinculado a uma chave da conta e todas as cobranças vinculadas a essa chave serão notificadas.
Se o seu caso for exclusivamente de boletos/carnês, Eneas, temos algumas sugestões:
Migração orgânica, onde não se emite mais diretamente pela conta e passa a emitir somente via API, mas mantendo o controle pelas duas pontas até que não haja mais cobranças ativas que foram emitidas diretamente pela conta digital (via Sistema);
Gerar um relatório das cobranças geradas via Sistema, importar para a sua integração para reemití-las via API e então excluir as cobranças antigas.